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基于PRM的靶向蛋白质定量分析

基于PRM的靶向蛋白质定量分析

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  (1)背景介绍
  与常见的大规模的蛋白质组学研究策略不同,靶向蛋白质组学技术是针对选中的目标蛋白或肽段进行监测和定量,被认为是“质谱领域的WB”。三重四级杆(QQQ)类型仪器上实现的SRM技术是质谱领域定量研究的金标准,Nature Methods杂志将其评为“Method of the Year 2012”。
  随着高分辨质谱在蛋白质组学领域普及,基于高分辨质谱的PRM靶向扫描技术被开发出来。PRM技术不仅可以得到与SRM相当的定量准确度,且扫描方法建立和开发过程比SRM简便很多。通过PRM可以方便地对目标蛋白或肽段进行相对或绝对定量,而且不依赖抗体。
 
  (2)实验流程
 
 
  (3)案例分析
  a.目的
  为了对样品中FOXN1蛋白进行绝对定量,采用PRM技术,选择合适的肽段,并结合内标法,绘制浓度-轻重比例的标准曲线,通过测量待测样品中该肽段的轻重比例,计算其含量。
 
  b.步骤
 
 
  c.结果
  选择蛋白的合适肽段(IEAIPQIDK),并合成标准肽段(轻、重形式)。建立PRM监测方法,通过标准品建立浓度-轻重比例的标准曲线,测得样品中目标蛋白的浓度为1.86 fmol/μL。
 
 
  (4)参考文献
  ● Multiplexed, Scheduled, High-Resolution Parallel Reaction Monitoring on a Full Scan QqTOF Instrument with Integrated Data-Dependent and Targeted Mass Spectrometric Workflows. Analytical Chemistry 2015.
 
  ● Skyline: an open source document editor for creating and analyzing targeted proteomics experiments. Bioinformatics 2010.
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