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基于SWATH的定量蛋白质组学分析

蛋白质组学

基于SWATH的定量蛋白质组学分析

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  (1)背景介绍
  经典的定量蛋白质组学分析流程(如上述的iTRAQ,双甲基化,SILAC等)所采用的质谱扫描模式为DDA(又称Shotgun,鸟枪法)。SWATH是一种全新的全景式质谱扫描模式,该模式在扫描过程中将样品中所有的肽段分成若干个窗口,并对每个窗口中的所有肽段进行碎裂,采集二级质谱图,数据分析时通过靶向提取的分析方式,即可对不同样品中蛋白进行相对定量分析。SWATH模式克服了DDA模式中扫描随机性的问题,数据重复性更好。
  SWATH尤其适合靶向富集后的样品,如IP后进行SWATH定量来检测与目标蛋白互作的蛋白。
 
  (2)实验流程
 
 
  (3)案例分析
  a.目的
  通过基于SWATH技术的定量蛋白质组学思路,研究癌症病人与健康人血样中N-糖基化蛋白的定量区别。5中不同种类癌症病人及对应健康人血样分别进行N-糖基化蛋白的富集,然后进行质谱鸟枪法数据采集、建库、SWATH数据采集。通过靶向提取的方式在SWATH数据中对库中鉴定到的蛋白进行相对定量分析,得到各血样中N-糖基化蛋白的定量信息。
 
  b.步骤
 
 
  c.结果
  本研究一共检测了284个不同的血液样本。通过SWATH数据靶向提取,得到272个蛋白的定量信息,其中203个蛋白在至少3/5的样品中获得准确的定量信息。随后分析比较了各类型癌症病人与其对应健康人血样中定量明显差异的糖基化蛋白,并分析了这些差异蛋白用于分辨各类癌症病人的能力。
 
 
  (4)参考文献
  ● Targeted Data Extraction of the MS/MS Spectra Generated by Data-independent Acquisition: A New Concept for Consistent and Accurate Proteome Analysis. Molecular & Cellular Proteomics 2012.
 
  ● Similarities and Differences of Blood N-glycoproteins in Five Solid Carcinomas at Localized Clinical Stage Analyzed by SWATH-MS. Cell Reports 2018.
 
  ● Group-DIA: analyzing multiple data-independent acquisition mass spectrometry data files. Nature Methods 2015.
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