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蛋白质组学

非标记定量蛋白质组学分析

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  (1)背景介绍
  定量蛋白质组学是蛋白质组学最重要的应用之一。定量的策略包括标记定量和非标记定量两大类。非标记定量对实验过程的操作和质谱仪的状态要求较高,但以其操作简便、试剂价格低廉等优势,同样受到很多人的关注。
  非标记定量的算法有两种,一是基于谱图计数的方式进行定量,二是根据提取的峰面积进行定量。谱图计数法算法简单,定量粗略;峰面积提取法定量较为精准。需对比的样本分别进行蛋白提取、酶解除盐等步骤后,分别上机检测,经过数据库检索、定量分析即可得到蛋白在不同样品中相对丰度的变化情况。
 
  (2)实验流程
 
 
  (3)案例分析
  a.目的
  为了对不同类型小鼠肝脏细胞的蛋白质组进行比较分析,采用密度梯度离心分离纯化了五种肝细胞,利用高通量的非标定量法对这五种不同类型的肝细胞以及三种肝细胞系进行检测,得到了针对小鼠肝脏的目前最全面的蛋白质组学定性、定量数据,为肝脏的分子机制和治疗研究提供了重要参考和线索。
 
  b.步骤
 
 
  c.结果
  四次生物学重复共定量到11520个蛋白,其中6778个蛋白发生了显着变化。随后对组学数据进行了一系列生物信息分析,结果如下:
 
质谱数据总览
 
重复间相关性
 
蛋白与mRNA定量比较
 
PCA分析
 
  (4)参考文献
  ● Cell-type-resolved quantitative proteomics of murine liver. Cell metabolism 2014.
 
  ● Accurate protein complex retrieval by affinity enrichment mass spectrometry (AE-MS) rather than affinity purification mass spectrometry (AP-MS). Molecular & cellular proteomics 2015.
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